Protein–RNA interactions for Protein: O35493

Clk4, Dual specificity protein kinase CLK4, mousemouse

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Length 481 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clk4O35493 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Clk4O35493 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clk4O35493 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clk4O35493 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Clk4O35493 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clk4O35493 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clk4O35493 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clk4O35493 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clk4O35493 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clk4O35493 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clk4O35493 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Clk4O35493 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Clk4O35493 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Clk4O35493 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Clk4O35493 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Clk4O35493 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Clk4O35493 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Clk4O35493 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Clk4O35493 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Clk4O35493 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Clk4O35493 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Clk4O35493 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Clk4O35493 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Clk4O35493 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Clk4O35493 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.6 ms