Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
Scn4aQ9ER60 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC34.39■■■■□ 3.1
Scn4aQ9ER60 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
Scn4aQ9ER60 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
Scn4aQ9ER60 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.26■■■■□ 3.08
Scn4aQ9ER60 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC34.23■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Scn4aQ9ER60 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC34.18■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.17■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Scn4aQ9ER60 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
Scn4aQ9ER60 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC34.07■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
Scn4aQ9ER60 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC34■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC33.99■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
Scn4aQ9ER60 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Scn4aQ9ER60 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.5 ms