Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CtcfQ61164 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CtcfQ61164 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CtcfQ61164 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CtcfQ61164 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.5 ms