Protein–RNA interactions for Protein: P27548

Cd40lg, CD40 ligand, mousemouse

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cd40lgP27548 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Cd40lgP27548 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Cd40lgP27548 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cd40lgP27548 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Cd40lgP27548 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC21.27■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Cd40lgP27548 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Cd40lgP27548 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.9 ms