Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Sdc1P18828 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sdc1P18828 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sdc1P18828 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sdc1P18828 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.3 ms