Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
Sdc1P18828 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
Sdc1P18828 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Sdc1P18828 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Sdc1P18828 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Sdc1P18828 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Sdc1P18828 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
Sdc1P18828 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Sdc1P18828 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
Sdc1P18828 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Sdc1P18828 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Sdc1P18828 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Sdc1P18828 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Sdc1P18828 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Sdc1P18828 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Sdc1P18828 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Sdc1P18828 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Sdc1P18828 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Sdc1P18828 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Sdc1P18828 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Sdc1P18828 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Sdc1P18828 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Sdc1P18828 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Sdc1P18828 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Sdc1P18828 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Sdc1P18828 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Sdc1P18828 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Sdc1P18828 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Sdc1P18828 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Sdc1P18828 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Sdc1P18828 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Sdc1P18828 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Sdc1P18828 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Sdc1P18828 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
Sdc1P18828 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Sdc1P18828 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Sdc1P18828 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Sdc1P18828 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Sdc1P18828 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Sdc1P18828 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Sdc1P18828 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Sdc1P18828 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Sdc1P18828 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Sdc1P18828 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Sdc1P18828 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Sdc1P18828 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sdc1P18828 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sdc1P18828 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
Sdc1P18828 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sdc1P18828 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sdc1P18828 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sdc1P18828 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc1P18828 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc1P18828 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Sdc1P18828 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Sdc1P18828 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Sdc1P18828 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sdc1P18828 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Sdc1P18828 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Sdc1P18828 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Sdc1P18828 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Sdc1P18828 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Sdc1P18828 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sdc1P18828 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Sdc1P18828 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sdc1P18828 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sdc1P18828 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Sdc1P18828 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Sdc1P18828 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Sdc1P18828 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sdc1P18828 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
Sdc1P18828 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Sdc1P18828 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Sdc1P18828 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Sdc1P18828 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Sdc1P18828 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Sdc1P18828 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Sdc1P18828 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Sdc1P18828 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Sdc1P18828 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sdc1P18828 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sdc1P18828 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Sdc1P18828 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
Sdc1P18828 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sdc1P18828 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Sdc1P18828 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Sdc1P18828 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Sdc1P18828 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Sdc1P18828 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Sdc1P18828 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Sdc1P18828 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Sdc1P18828 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Sdc1P18828 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Sdc1P18828 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.5 ms