Protein–RNA interactions for Protein: P13297

Msx1, Homeobox protein MSX-1, mousemouse

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx1P13297 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Msx1P13297 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Msx1P13297 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Msx1P13297 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Msx1P13297 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Msx1P13297 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Msx1P13297 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Msx1P13297 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Msx1P13297 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Msx1P13297 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Msx1P13297 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Msx1P13297 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Msx1P13297 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Msx1P13297 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms