Protein–RNA interactions for Protein: B1AVK5

Col4a6, Collagen, type IV, alpha 6, mousemouse

Predictions only

Length 1,691 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a6B1AVK5 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col4a6B1AVK5 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col4a6B1AVK5 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col4a6B1AVK5 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col4a6B1AVK5 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Col4a6B1AVK5 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col4a6B1AVK5 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col4a6B1AVK5 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col4a6B1AVK5 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col4a6B1AVK5 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col4a6B1AVK5 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col4a6B1AVK5 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col4a6B1AVK5 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.6 ms