Protein–RNA interactions for Protein: Q9QZR9

Col4a4, Collagen alpha-4(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,682 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a4Q9QZR9 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col4a4Q9QZR9 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col4a4Q9QZR9 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col4a4Q9QZR9 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col4a4Q9QZR9 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Col4a4Q9QZR9 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col4a4Q9QZR9 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
Col4a4Q9QZR9 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Col4a4Q9QZR9 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col4a4Q9QZR9 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col4a4Q9QZR9 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Col4a4Q9QZR9 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col4a4Q9QZR9 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col4a4Q9QZR9 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col4a4Q9QZR9 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col4a4Q9QZR9 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col4a4Q9QZR9 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col4a4Q9QZR9 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
Col4a4Q9QZR9 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col4a4Q9QZR9 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col4a4Q9QZR9 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 69 ms