Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Cacna1bO55017 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Cacna1bO55017 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Cacna1bO55017 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Cacna1bO55017 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Cacna1bO55017 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Cacna1bO55017 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 832.9 ms