Protein–RNA interactions for Protein: O54941

Smarce1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 411 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smarce1O54941 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Smarce1O54941 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Smarce1O54941 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Smarce1O54941 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smarce1O54941 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Smarce1O54941 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Smarce1O54941 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Smarce1O54941 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smarce1O54941 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms