Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Atg4aQ8C9S8 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Atg4aQ8C9S8 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Atg4aQ8C9S8 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Atg4aQ8C9S8 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Atg4aQ8C9S8 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
Atg4aQ8C9S8 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
Atg4aQ8C9S8 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Atg4aQ8C9S8 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Atg4aQ8C9S8 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Atg4aQ8C9S8 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
Atg4aQ8C9S8 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Atg4aQ8C9S8 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC29.95■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
Atg4aQ8C9S8 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Atg4aQ8C9S8 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Atg4aQ8C9S8 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Atg4aQ8C9S8 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Atg4aQ8C9S8 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Atg4aQ8C9S8 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Atg4aQ8C9S8 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 75.5 ms