Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Serp2-204ENSMUST00000228055 705 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col6a3E9PWQ3 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
Col6a3E9PWQ3 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Col6a3E9PWQ3 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Col6a3E9PWQ3 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
Col6a3E9PWQ3 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col6a3E9PWQ3 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a3E9PWQ3 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.8 ms