Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YTW6

Scn2a, Sodium channel protein, mousemouse

Predictions only

Length 2,006 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn2aA0A0J9YTW6 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn2aA0A0J9YTW6 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn2aA0A0J9YTW6 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
Scn2aA0A0J9YTW6 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Scn2aA0A0J9YTW6 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Scn2aA0A0J9YTW6 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Scn2aA0A0J9YTW6 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Scn2aA0A0J9YTW6 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn2aA0A0J9YTW6 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Scn2aA0A0J9YTW6 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Scn2aA0A0J9YTW6 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.3 ms