Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 a-202ENSMUST00000109697 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12896-201ENSMUST00000118430 226 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm30003-201ENSMUST00000200700 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Agpat3-201ENSMUST00000001240 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r8-202ENSMUST00000105919 1090 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ppm1h-201ENSMUST00000067918 6369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Nova2-202ENSMUST00000220302 8372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Nova2-201ENSMUST00000032571 8372 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gal3st3-201ENSMUST00000061169 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.3 ms