Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Adgra2-202ENSMUST00000178514 5129 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Hmgxb3-201ENSMUST00000091884 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Dennd2a-201ENSMUST00000036877 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd6-205ENSMUST00000156876 4932 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13509-201ENSMUST00000119733 1308 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Cklf-203ENSMUST00000211809 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Sorcs2-201ENSMUST00000037370 5707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Ccdc3Q9D6Y1 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.5 ms