Protein–RNA interactions for Protein: Q9QZR9

Col4a4, Collagen alpha-4(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,682 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a4Q9QZR9 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Col4a4Q9QZR9 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Col4a4Q9QZR9 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.92
Col4a4Q9QZR9 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Col4a4Q9QZR9 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Col4a4Q9QZR9 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Col4a4Q9QZR9 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Col4a4Q9QZR9 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Col4a4Q9QZR9 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Col4a4Q9QZR9 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Col4a4Q9QZR9 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Col4a4Q9QZR9 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Col4a4Q9QZR9 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Col4a4Q9QZR9 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Col4a4Q9QZR9 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Col4a4Q9QZR9 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Col4a4Q9QZR9 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Col4a4Q9QZR9 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Col4a4Q9QZR9 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Col4a4Q9QZR9 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col4a4Q9QZR9 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col4a4Q9QZR9 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col4a4Q9QZR9 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Col4a4Q9QZR9 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Col4a4Q9QZR9 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
Col4a4Q9QZR9 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
Col4a4Q9QZR9 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Col4a4Q9QZR9 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 99.3 ms