Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Traf1P39428 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Traf1P39428 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Traf1P39428 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Traf1P39428 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Traf1P39428 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
Traf1P39428 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Traf1P39428 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Traf1P39428 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Traf1P39428 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
Traf1P39428 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Traf1P39428 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Traf1P39428 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Traf1P39428 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Traf1P39428 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Traf1P39428 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Traf1P39428 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Traf1P39428 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Traf1P39428 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Traf1P39428 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Traf1P39428 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Traf1P39428 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Traf1P39428 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
Traf1P39428 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Traf1P39428 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Traf1P39428 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Traf1P39428 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Traf1P39428 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Traf1P39428 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Traf1P39428 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Traf1P39428 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Traf1P39428 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Traf1P39428 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Traf1P39428 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Traf1P39428 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Traf1P39428 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 79.9 ms