Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Usp4P35123 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Usp4P35123 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Usp4P35123 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Usp4P35123 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Usp4P35123 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Usp4P35123 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Usp4P35123 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Usp4P35123 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Usp4P35123 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Usp4P35123 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Usp4P35123 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp4P35123 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Usp4P35123 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Usp4P35123 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
Usp4P35123 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Usp4P35123 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Usp4P35123 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp4P35123 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Usp4P35123 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp4P35123 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Usp4P35123 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Usp4P35123 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Usp4P35123 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Usp4P35123 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
Usp4P35123 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10 ms