Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lire1P11260 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Lire1P11260 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Lire1P11260 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lire1P11260 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lire1P11260 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lire1P11260 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Lire1P11260 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Lire1P11260 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
Lire1P11260 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Lire1P11260 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lire1P11260 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Lire1P11260 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Lire1P11260 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Lire1P11260 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Lire1P11260 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Lire1P11260 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Lire1P11260 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Lire1P11260 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Lire1P11260 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Lire1P11260 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
Lire1P11260 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lire1P11260 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lire1P11260 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 69.8 ms