Protein–RNA interactions for Protein: P41105

Rpl28, 60S ribosomal protein L28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rpl28P41105 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Rpl28P41105 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Rpl28P41105 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Rpl28P41105 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rpl28P41105 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rpl28P41105 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Rpl28P41105 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Rpl28P41105 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Rpl28P41105 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rpl28P41105 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rpl28P41105 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rpl28P41105 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rpl28P41105 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 71.9 ms