Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Usp4P35123 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
Usp4P35123 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Usp4P35123 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Usp4P35123 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Usp4P35123 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Usp4P35123 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Usp4P35123 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Usp4P35123 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Usp4P35123 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Usp4P35123 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Usp4P35123 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Usp4P35123 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Usp4P35123 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Usp4P35123 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
Usp4P35123 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
Usp4P35123 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Usp4P35123 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Usp4P35123 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Usp4P35123 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
Usp4P35123 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Usp4P35123 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Usp4P35123 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Usp4P35123 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
Usp4P35123 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Usp4P35123 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
Usp4P35123 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Usp4P35123 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.1 ms