Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Lmx1aQ9JKU8 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Ypel3-201ENSMUST00000038614 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 5033430I15Rik-201ENSMUST00000038032 729 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Lmx1aQ9JKU8 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Lmx1aQ9JKU8 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 1207.3 ms