Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CtcfQ61164 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 88.5 ms