Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Ccdc3Q9D6Y1 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Ccdc3Q9D6Y1 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Ccdc3Q9D6Y1 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.3 ms