Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Pi4kb-207ENSMUST00000167008 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Usp28Q5I043 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Usp28Q5I043 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Usp28Q5I043 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.4 ms