Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQE8

RTRAF, RNA transcription, translation and transport factor protein, mousemouse

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTRAFQ9CQE8 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
RTRAFQ9CQE8 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
RTRAFQ9CQE8 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RTRAFQ9CQE8 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RTRAFQ9CQE8 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
RTRAFQ9CQE8 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
RTRAFQ9CQE8 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
RTRAFQ9CQE8 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
RTRAFQ9CQE8 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
RTRAFQ9CQE8 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
RTRAFQ9CQE8 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
RTRAFQ9CQE8 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
RTRAFQ9CQE8 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
RTRAFQ9CQE8 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
RTRAFQ9CQE8 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
RTRAFQ9CQE8 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
RTRAFQ9CQE8 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
RTRAFQ9CQE8 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
RTRAFQ9CQE8 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
RTRAFQ9CQE8 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
RTRAFQ9CQE8 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
RTRAFQ9CQE8 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
RTRAFQ9CQE8 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
RTRAFQ9CQE8 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
RTRAFQ9CQE8 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
RTRAFQ9CQE8 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
RTRAFQ9CQE8 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
RTRAFQ9CQE8 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
RTRAFQ9CQE8 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
RTRAFQ9CQE8 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
RTRAFQ9CQE8 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
RTRAFQ9CQE8 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
RTRAFQ9CQE8 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
RTRAFQ9CQE8 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
RTRAFQ9CQE8 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
RTRAFQ9CQE8 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
RTRAFQ9CQE8 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RTRAFQ9CQE8 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RTRAFQ9CQE8 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RTRAFQ9CQE8 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC21.31■■□□□ 1
RTRAFQ9CQE8 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
RTRAFQ9CQE8 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
RTRAFQ9CQE8 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RTRAFQ9CQE8 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RTRAFQ9CQE8 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RTRAFQ9CQE8 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RTRAFQ9CQE8 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RTRAFQ9CQE8 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RTRAFQ9CQE8 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RTRAFQ9CQE8 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RTRAFQ9CQE8 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RTRAFQ9CQE8 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
RTRAFQ9CQE8 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
RTRAFQ9CQE8 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
RTRAFQ9CQE8 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
RTRAFQ9CQE8 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.6 ms