Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Usp4P35123 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Usp4P35123 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Usp4P35123 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Usp4P35123 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Usp4P35123 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Usp4P35123 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Usp4P35123 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Usp4P35123 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Usp4P35123 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Usp4P35123 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Usp4P35123 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp4P35123 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Usp4P35123 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Usp4P35123 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Usp4P35123 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Usp4P35123 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp4P35123 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp4P35123 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp4P35123 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp4P35123 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp4P35123 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp4P35123 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp4P35123 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp4P35123 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp4P35123 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp4P35123 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Usp4P35123 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp4P35123 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp4P35123 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp4P35123 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp4P35123 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp4P35123 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Usp4P35123 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
Usp4P35123 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Usp4P35123 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Usp4P35123 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Usp4P35123 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Usp4P35123 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
Usp4P35123 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Usp4P35123 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
Usp4P35123 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Usp4P35123 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Usp4P35123 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
Usp4P35123 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
Usp4P35123 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Usp4P35123 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Usp4P35123 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Usp4P35123 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Usp4P35123 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Usp4P35123 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Usp4P35123 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Usp4P35123 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Usp4P35123 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
Usp4P35123 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Usp4P35123 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Usp4P35123 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Usp4P35123 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Usp4P35123 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
Usp4P35123 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Usp4P35123 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Usp4P35123 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
Usp4P35123 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
Usp4P35123 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Usp4P35123 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Usp4P35123 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Usp4P35123 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Usp4P35123 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Usp4P35123 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
Usp4P35123 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
Usp4P35123 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Usp4P35123 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Usp4P35123 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Usp4P35123 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Usp4P35123 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Usp4P35123 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Usp4P35123 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Usp4P35123 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Usp4P35123 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Usp4P35123 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp4P35123 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.9 ms