Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc3Q9D6Y1 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.8 ms