Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
Ccdc3Q9D6Y1 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc3Q9D6Y1 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.2 ms