Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sdc1P18828 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Sdc1P18828 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Slc35b3-209ENSMUST00000225432 2216 ntAPPRIS P3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Sdc1P18828 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.9 ms