Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

Predictions only

Length 366 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Trim54Q9ERP3 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Trim54Q9ERP3 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Trim54Q9ERP3 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Trim54Q9ERP3 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Trim54Q9ERP3 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
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