Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Use1Q9CQ56 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Use1Q9CQ56 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Use1Q9CQ56 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.7 ms