Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Use1Q9CQ56 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Use1Q9CQ56 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Use1Q9CQ56 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Use1Q9CQ56 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
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