RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF778	Q96MU6	729 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	NELL2	Q99435	816 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	MCMBP	Q9BTE3	642 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	HEBP1	Q9NRV9	189 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	IL17C	Q9P0M4	197 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	HCN4	Q9Y3Q4	1203 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	SPO11	Q9Y5K1	396 aa		12.79	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	SHROOM3	Q8TF72	1996 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	EXOC1L	A0A1B0GW35	172 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	RGSL1	A5PLK6	1076 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	CAPN8	A6NHC0	703 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	GOLGA6L10	A6NI86	522 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	GOLGA8K	D6RF30	607 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	TIMP2	P16035	220 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF30	P17039	623 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ITGB7	P26010	798 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	CNTF	P26441	200 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ARNT	P27540	789 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	NTSR1	P30989	418 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	GK	P32189	559 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	HNF1B	P35680	557 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	HADHA	P40939	763 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	MSH2	P43246	934 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	EPHB1	P54762	984 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	CCIN	Q13939	588 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	LGSN	Q5TDP6	509 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM46C	Q5VWP2	391 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ZDHHC20	Q5W0Z9	365 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	SDE2	Q6IQ49	451 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	TRMT10B	Q6PF06	316 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	MARK2	Q7KZI7	788 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ZSWIM9	Q86XI8	627 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF513	Q8N8E2	541 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	OR6K2	Q8NGY2	324 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	CALML6	Q8TD86	181 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB7B	Q96AH8	199 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM131C	Q96AQ9	280 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF669	Q96BR6	464 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	CDKN2AIPNL	Q96HQ2	116 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	KLHL32	Q96NJ5	620 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	HDAC8	Q9BY41	377 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	STMN4	Q9H169	189 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	RSPH9	Q9H1X1	276 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	MFSD1	Q9H3U5	465 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ZDHHC6	Q9H6R6	413 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	CD248	Q9HCU0	757 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	SORCS3	Q9UPU3	1222 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	ACTL7B	Q9Y614	415 aa		12.78	□□□□□ -0.36
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM221	A6NGB7	291 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	C16orf96	A6NNT2	1141 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	HMGB1P1	B2RPK0	211 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529		M0R296	226 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	RPP40	O75818	363 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	UGT2B4	P06133	528 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	EPHX1	P07099	455 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP2A6	P11509	494 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	POLD2	P49005	469 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	SERPINB9	P50453	376 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	STARD6	P59095	220 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CREB5	Q02930	508 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB16	Q05516	673 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC15	Q0P6D6	951 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	PON2	Q15165	354 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT71	Q3SY84	523 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	HSP90B2P	Q58FF3	399 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	NEPRO	Q6NW34	567 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	TIFAB	Q6ZNK6	161 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM67	Q6ZTA4	783 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	USP45	Q70EL2	814 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	NLRP8	Q86W28	1048 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CHPF	Q8IZ52	775 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	STK40	Q8N2I9	435 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	IL17RC	Q8NAC3	791 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	BLOC1S5	Q8TDH9	187 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	PDCD6IP	Q8WUM4	868 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	DCAKD	Q8WVC6	231 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM3C	Q92520	227 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	TLCD1	Q96CP7	247 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	EID2B	Q96D98	161 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP1R16A	Q96I34	528 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	SHD	Q96IW2	340 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	TCF12	Q99081	682 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	ACOX2	Q99424	681 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CPNE1	Q99829	537 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM56	Q9BRZ2	755 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CDH19	Q9H159	772 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	ZFYVE1	Q9HBF4	777 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	SMYD2	Q9NRG4	433 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	PSMC3IP	Q9P2W1	217 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	NFKBIL1	Q9UBC1	381 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	SCML1	Q9UN30	329 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF711	Q9Y462	761 aa		12.77	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	TECTA	O75443	2155 aa		12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CXorf49	A8MYA2	514 aa	Predicted RBP	12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	UPK3BL1	B0FP48	263 aa		12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	CHURC1-FNTB	B4DL54	471 aa		12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	UPK3BL2	E5RIL1	263 aa		12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	C1QTNF3-AMACR	E9PGA6	284 aa		12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529		H0Y858	1186 aa		12.76	□□□□□ -0.37
TRAF4-208	ENST00000469529	AURKA	O14965	403 aa		12.76	□□□□□ -0.37

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