RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635152.1

BRF1-222, Transcript of BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit, human

TSL 2

Gene BRF1, Length 2,876 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
BRF1-222	ENST00000635152	RPN1	P04843	607 aa	Known RBP	14.8	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	14.8	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	NELFB	Q8WX92	580 aa		14.8	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	EYA3	Q99504	573 aa		14.8	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	MRPL44	Q9H9J2	332 aa	Known RBP	14.8	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		14.8	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	LDHC	P07864	332 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CASQ1	P31415	396 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CDK8	P49336	464 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	GNAQ	P50148	359 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PAK1	Q13153	545 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	KRT31	Q15323	416 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	EEF2KMT	Q96G04	330 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	OGFR	Q9NZT2	677 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	TRIM49B	A6NDI0	452 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	UBA7	P41226	1012 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PRCP	P42785	496 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	DISC1	Q9NRI5	854 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	BARHL2	Q9NY43	387 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	STXBP3	O00186	592 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	FXR1	P51114	621 aa	Known RBP eCLIP	14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	NAPA	P54920	295 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PPP4C	P60510	307 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	LETM2	Q2VYF4	491 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	RAD9B	Q6WBX8	426 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	UBXN4	Q92575	508 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	EPC1	Q9H2F5	836 aa		14.79	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	GGA1	Q9UJY5	639 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	BTAF1	O14981	1849 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	C6orf229	H3BNL8	230 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152		M0R2N6	131 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	GYPC	P04921	128 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PDE4C	Q08493	712 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF658	Q5TYW1	1059 aa	Predicted RBP	14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	ANKS1A	Q92625	1134 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		14.78	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152		F8W031	263 aa	Predicted RBP	14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CCDC175	P0C221	793 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PBX1	P40424	430 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	PICALM	Q13492	652 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	CEP95	Q96GE4	821 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	RWDD2A	Q9UIY3	292 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		14.77	□□□□□ -0.04
BRF1-222	ENST00000635152	MFAP3L	O75121	409 aa		14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	SERPINB2	P05120	415 aa		14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	PANX2	Q96RD6	677 aa		14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	FLT1	P17948	1338 aa		14.77	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	GOLGA6L9	A6NEM1	432 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	KCNJ18	B7U540	433 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	RNF225	M0QZC1	329 aa	Predicted RBP	14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	KCNJ12	Q14500	433 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	NUP88	Q99567	741 aa	Predicted RBP	14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	POLL	Q9UGP5	575 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	LAMB1	P07942	1786 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	SMCO2	A6NFE2	343 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	RIMBP2	O15034	1052 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	COPB1	P53618	953 aa	Known RBP	14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	PMS1	P54277	932 aa	Known RBP	14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	CCDC178	Q5BJE1	867 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	TCP11X2	Q5H9J9	407 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	LRRC15	Q8TF66	581 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	RMND1	Q9NWS8	449 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ADGRG1	Q9Y653	693 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		14.76	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	GYS1	P13807	737 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	PIGS	Q96S52	555 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	CLCN6	P51797	869 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	ST5	P78524	1137 aa		14.75	□□□□□ -0.05
BRF1-222	ENST00000635152	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		14.75	□□□□□ -0.05

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