RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	RPTOR	Q8N122	1335 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXC6	P09630	235 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	FCER1A	P12319	257 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	COPB2	P35606	906 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC96	Q2M329	555 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	KCTD1	Q719H9	257 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM160B2	Q86V87	743 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	CPXCR1	Q8N123	301 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	NPLOC4	Q8TAT6	608 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF236	Q9UL36	1845 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146		B4E1Z4	1266 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	SGSM2	O43147	1006 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	SGPL1	O95470	568 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC4A3	P48751	1232 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	SNRNP48	Q6IEG0	339 aa	Known RBP	28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	RASGRP2	Q7LDG7	609 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	MMP19	Q99542	508 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	KDM4A	O75164	1064 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	NT5C2	P49902	561 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	PTH1R	Q03431	593 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP3K21	Q5TCX8	1036 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	DCAF4	Q8WV16	495 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC5A4	Q9NY91	659 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	FLRT1	Q9NZU1	646 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	TFRC	P02786	760 aa	Known RBP	28.28	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	CACNB2	Q08289	660 aa	Predicted RBP	28.28	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	KCTD2	Q14681	263 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	IQCA1	Q86XH1	822 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	TTC14	Q96N46	770 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	KRT23	Q9C075	422 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	28.27	■■■□□ 2.12
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP2A1	O14983	1001 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	COBL	O75128	1261 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	FDX1	P10109	184 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	28.25	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	OAZ1	P54368	228 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC178	Q5BJE1	867 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	RIPK3	Q9Y572	518 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	PLA2G6	O60733	806 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	FARP2	O94887	1054 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CCND3	P30281	292 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2C19	P33261	490 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	PGK2	P07205	417 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	DGKH	Q86XP1	1220 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CRISPLD2	Q9H0B8	497 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	GPCPD1	Q9NPB8	672 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	PDHB	P11177	359 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CAPN2	P17655	700 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	TRDN	Q13061	729 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	UBAC1	Q9BSL1	405 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	BRCA2	P51587	3418 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP21A2	P08686	494 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC16A2	P36021	539 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	SNAP25	P60880	206 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC174	Q6PII3	467 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	MAML3	Q96JK9	1138 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	ESYT1	Q9BSJ8	1104 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	KAT14	Q9H8E8	782 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	TNKS	O95271	1327 aa		28.2	■■■□□ 2.11
CPNE1-223	ENST00000475146	CNGA1	P29973	690 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	CHST13	Q8NET6	341 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX11	Q96FC9	970 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	FBXO40	Q9UH90	709 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	ENAH	Q8N8S7	591 aa	Predicted RBP	28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	PNMA1	Q8ND90	353 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP4K1	Q92918	833 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	RBM8A	Q9Y5S9	174 aa	Known RBP	28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNFX1	Q9P2E3	1918 aa	Known RBP	28.19	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF543	Q08ER8	600 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF792	Q3KQV3	632 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	RNF146	Q9NTX7	359 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF536	O15090	1300 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	IGHA2	P01877	340 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	SNHG28	P0DPA3	235 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	ALAS1	P13196	640 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CPNE1-223	ENST00000475146	CYBA	P13498	195 aa		28.17	■■■□□ 2.1

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