RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000308271.13

USP48-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP48, Length 4,595 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP48-201ENST00000308271 PLCG2P16885 1265 aa21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 ARID4AP29374 1257 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 RESP18Q5W5W9 173 aa21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 LMNTD2Q8IXW0 634 aa21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 RNF26Q9BY78 433 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 IQCGQ9H095 443 aaKnown RBP21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 HOMER2Q9NSB8 354 aa21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 TNKSO95271 1327 aa21.41■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 MMP1P03956 469 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 ARHGEF25Q86VW2 580 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 SRPRBQ9Y5M8 271 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 MLH3Q9UHC1 1453 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 NDUFA10O95299 355 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 IRX5P78411 483 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 TOGARAM2Q6ZUX3 1019 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 OSBP2Q969R2 916 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 SEMA3EO15041 775 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 TNFAIP3P21580 790 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 MRPL12P52815 198 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 GRAMD1CQ8IYS0 662 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 PPFIBP2Q8ND30 876 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 TUBGCP2Q9BSJ2 902 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 PRR36Q9H6K5 1346 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 GLI2P10070 1586 aa21.4■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 DYMQ7RTS9 669 aa21.39■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 SNX29Q8TEQ0 813 aa21.39■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 LZTS2Q9BRK4 669 aa21.39■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 ZMYND10O75800 440 aa21.39■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 BLIDQ8IZY5 108 aa21.39■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 CABLES1Q8TDN4 633 aa21.39■■□□□ 1.02
USP48-201ENST00000308271 RFX7Q2KHR2 1363 aa21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 TRAPPC10P48553 1259 aa21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PPP2R5EQ16537 467 aa21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 UBL4BQ8N7F7 174 aa21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ZSCAN10Q96SZ4 725 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 GSTA5Q7RTV2 222 aa21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 GPIHBP1Q8IV16 184 aa21.39■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SH2B2O14492 632 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 GUCY2DQ02846 1103 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 QRICH2Q9H0J4 1663 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 TMEM232C9JQI7 657 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 GNA14O95837 355 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 KCTD16Q68DU8 428 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 CCDC170Q8IYT3 715 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 RWDD2AQ9UIY3 292 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 CEP83Q9Y592 693 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 MRFAP1Q9Y605 127 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 C6orf229H3BNL8 230 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PCK1P35558 622 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 HERC4Q5GLZ8 1057 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SMYD4Q8IYR2 804 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 MMS22LQ6ZRQ5 1243 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PLEKHA4Q9H4M7 779 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 FAM184BQ9ULE4 1060 aa21.38■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 EIF3CLB5ME19 914 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PHKG2P15735 406 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ALS2CLQ60I27 953 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 DENND2CQ68D51 928 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 NCAPH2Q6IBW4 605 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 TADA2BQ86TJ2 420 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 EIF3CQ99613 913 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 KCNK3O14649 394 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 LDHBP07195 334 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SCG2P13521 617 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 RNF14Q9UBS8 474 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 E9PCH4 1651 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 NYAP1Q6ZVC0 841 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 MAGEF1Q9HAY2 307 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 CPSF2Q9P2I0 782 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ABCC3O15438 1527 aa21.37■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SPDYE3A6NKU9 549 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 GBP1P32455 592 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PARP10Q53GL7 1025 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ZNF658Q5TYW1 1059 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 TTC19Q6DKK2 380 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ANKRD2Q9GZV1 360 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ATG3Q9NT62 314 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 HDAC9Q9UKV0 1011 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 BUB1O43683 1085 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SPOPO43791 374 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SNCBQ16143 134 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 CEP128Q6ZU80 1094 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 DHTKD1Q96HY7 919 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 AIFM3Q96NN9 605 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SMC6Q96SB8 1091 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ZKSCAN7Q9P0L1 754 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 RGS16O15492 202 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 CALUO43852 315 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 ERCC3P19447 782 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 LIFRP42702 1097 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 TTLL7Q6ZT98 887 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PPP1R14CQ8TAE6 165 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 SAMM50Q9Y512 469 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 MXRA7P84157 204 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 PPARDQ03181 441 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 HAUS3Q68CZ6 603 aa21.36■■□□□ 1.01
USP48-201ENST00000308271 MCTP2Q6DN12 878 aa21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.5 ms