RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB9A	P51151	201 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	CX3CL1	P78423	397 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	SSBP2	P81877	361 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	VAX1	Q5SQQ9	334 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	C9orf66	Q5T8R8	295 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF660	Q6AZW8	331 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	IZUMO2	Q6UXV1	221 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	NR2C2AP	Q86WQ0	139 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF383	Q8NA42	475 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	OR11H1	Q8NG94	326 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf30	Q96GV9	206 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC90B	Q9GZT6	254 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	GHITM	Q9H3K2	345 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	ACOT13	Q9NPJ3	140 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	NUBP2	Q9Y5Y2	271 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464		V9GY05	133 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PTPRF-211	ENST00000467464	SEC14L6	B5MCN3	397 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RBBP9	O75884	186 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV1-16	P04430	117 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB25	P24278	435 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10A3	P58181	314 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	HES5	Q5TA89	166 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF367	Q7RTV3	350 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	DRAXIN	Q8NBI3	349 aa	Predicted RBP	9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR56B1	Q8NGI3	324 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	EDARADD	Q8WWZ3	215 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5B12	Q96R08	314 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR25	Q96S07	402 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CMSS1	Q9BQ75	279 aa	Known RBP	9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CABLES2	Q9BTV7	478 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ALX4	Q9H161	411 aa	Predicted RBP	9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFB11	Q9NX14	153 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1456	Q9P272	454 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	MGAT4A	Q9UM21	535 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	VSIG4	Q9Y279	399 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	WASHC3	Q9Y3C0	194 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV1-2	A0A0B4J238	106 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TRDC	B7Z8K6	153 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	MFNG	O00587	321 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RAMP3	O60896	148 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	FCGR3A	P08637	254 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CD3G	P09693	182 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	MC5R	P33032	325 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPA13	P48723	471 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF616	Q08AN1	781 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	PSG5	Q15238	335 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM65	Q6PI78	240 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR1N2	Q8NGR9	330 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CASTOR1	Q8WTX7	329 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CNBD2	Q96M20	576 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF5	Q99942	180 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF150	Q9ULK6	438 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXA2	Q9Y261	457 aa	Predicted RBP	9.26	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0B4J203	849 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PN81	502 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	IFITM5	A6NNB3	132 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB27B	O00194	218 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ARPC1B	O15143	372 aa	Known RBP	9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPA12A	O43301	675 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	DENR	O43583	198 aa	Known RBP	9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDEF	O95238	335 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV2-23	P01705	113 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR8U8	P0C7N1	319 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRNA7	P36544	502 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CD69	Q07108	199 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ECSCR	Q19T08	205 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF260	Q3ZCT1	412 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	IGSF11	Q5DX21	431 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR4A4P	Q8NGN8	299 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	DCUN1D4	Q92564	292 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RDH8	Q9NYR8	311 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	METTL1	Q9UBP6	276 aa	Known RBP	9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMAT5	Q9UDW3	170 aa	Known RBP	9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB22A	Q9UL26	194 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV6-7	A0A0A0MS04	114 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TRDV1	A0A1B0GX56	115 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464		H7C2Y5	167 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	FABP7	O15540	132 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	DIRAS3	O95661	229 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CA2	P00918	260 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	TFAP2A	P05549	437 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	CRYGB	P07316	175 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	GSTP1	P09211	210 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	LGALS1	P09382	135 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	DCTN2	Q13561	401 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	MRGPRG-AS1	Q2M3A8	158 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF562	Q6V9R5	426 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R27	Q86WC6	154 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	PDPN	Q86YL7	162 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF436-AS1	Q8NC38	126 aa	Predicted RBP	9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10R2	Q8NGX6	335 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	MAFIP	Q8WZ33	124 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	DLX4	Q92988	240 aa	Predicted RBP	9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB3C	Q96E17	227 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	VCX3B	Q9H321	246 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PTPRF-211	ENST00000467464	ELF5	Q9UKW6	265 aa	Predicted RBP	9.24	□□□□□ -0.93

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 86 ms