RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OR13C3	Q8NGS6	347 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	APH1B	Q8WW43	257 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	RGP1	Q92546	391 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	COQ2	Q96H96	371 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ALG8	Q9BVK2	526 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	NPFFR1	Q9GZQ6	430 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS18A	Q9NVS2	196 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ERVK13-1	Q9NX77	482 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ORC6	Q9Y5N6	252 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	GMPPB	Q9Y5P6	360 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM90A22P	A8MWA6	464 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SIRPB1	O00241	398 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ALX3	O95076	343 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFPL1	O95159	310 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CSF1	P09603	554 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	LMO1	P25800	156 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CDK5R1	Q15078	307 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	FBLN7	Q53RD9	439 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	UTF1	Q5T230	341 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	MINOS1	Q5TGZ0	78 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SAXO1	Q8IYX7	474 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	PARP16	Q8N5Y8	322 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF676	Q8N7Q3	588 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	C11orf44	Q8N8P7	122 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OR52I1	Q8NGK6	324 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5D18	Q8NGL1	313 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T6	Q8NHC8	308 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS4Y2	Q8TD47	263 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CORO2A	Q92828	525 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT10A	Q9GZT5	417 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM133	Q9H2Q1	129 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ZCCHC4	Q9H5U6	513 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	S100A14	Q9HCY8	104 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	AMBN	Q9NP70	447 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOSC4	Q9NPD3	245 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	GSTK1	Q9Y2Q3	226 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	MINOS1-NBL1	R4GNA1	71 aa		9.62	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	WBP4	O75554	376 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CYB5A	P00167	134 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV1-47	P01700	117 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CSN2	P05814	226 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	LIMS3	P0CW19	117 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	LIMS4	P0CW20	117 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	GLIPR1	P48060	266 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB40B	Q12829	278 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	DYNC1I2	Q13409	638 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	IL18R1	Q13478	541 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	PRAMEF5	Q5TYX0	476 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	XAF1	Q6GPH4	301 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZTK2	550 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC121	Q6ZUS5	278 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	C1QL4	Q86Z23	238 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	PQLC1	Q8N2U9	271 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	NKX3-1	Q99801	234 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	PDCD1LG2	Q9BQ51	273 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	C9orf16	Q9BUW7	83 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	JAM3	Q9BX67	310 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	RHOF	Q9HBH0	211 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM118A	Q9NWS6	357 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2J1	Q9Y385	318 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	HILPDA	Q9Y5L2	63 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	NOTCH1	P46531	2555 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0G2JK05	382 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC100130705	A0A1B0GUX0	176 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SH2D1B	O14796	132 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SULT1B1	O43704	296 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	FADS2	O95864	444 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OPN1MW	P04001	364 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OPN1MW2	P0DN77	364 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OPN1MW3	P0DN78	364 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CGB3	P0DN86	165 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CGB7	P0DN87	165 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	VSIG10L2	P0DP72	767 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CD34	P28906	385 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	BLCAP	P62952	87 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	KISS1	Q15726	138 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SMN1	Q16637	294 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	HEPN1	Q6WQI6	88 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	OR51A2	Q8NGJ7	313 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CLEC7A	Q9BXN2	247 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	PPIL3	Q9H2H8	161 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	INPP5E	Q9NRR6	644 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	TAS2R3	Q9NYW6	316 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	TRGV10	A0A0A0MS01	117 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	ODAM	A1E959	279 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM212	A6NML5	194 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	SNTN	A6NMZ2	147 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464		G3V4G9	280 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	GABRP	O00591	440 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	MPZL2	O60487	215 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CD28	P10747	220 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	CDK2	P24941	298 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2A1	P52655	376 aa	Predicted RBP	9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	BDH1	Q02338	343 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	AES	Q08117	197 aa		9.59	□□□□□ -0.87
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf58	Q2M2W7	97 aa		9.59	□□□□□ -0.87

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 63.4 ms