RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	GLTP	Q9NZD2	209 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF229	Q9UJW7	825 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	POFUT2	Q9Y2G5	429 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SON	P18583	2426 aa	Known RBP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC390937	A0A1W2PQ73	354 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF726	A6NNF4	738 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	BBIP1	A8MTZ0	92 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MRAS	O14807	208 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	IGF2	P01344	180 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PATE4	P0C8F1	98 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CD79A	P11912	226 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FUT4	P22083	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	IGFBP5	P24593	272 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GIF	P27352	417 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CAPZA2	P47755	286 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GIPR	P48546	466 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PIGF	Q07326	219 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CYLC2	Q14093	348 aa	Predicted RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	DAG1	Q14118	895 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GGTLC2	Q14390	218 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRFAM7A	Q494W8	412 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CYB5R2	Q6BCY4	276 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA21	Q7Z572	469 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ARIH2OS	Q8N7S6	290 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LIPH	Q8WWY8	451 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MSI2	Q96DH6	328 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A44	Q96H78	314 aa	Predicted RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PIMREG	Q9BSJ6	248 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL13	Q9BYD1	178 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL37	Q9BZE1	423 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	DENND2D	Q9H6A0	471 aa	Predicted RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	C20orf141	Q9NUB4	165 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GMPR2	Q9P2T1	348 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	DHH	O43323	396 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF13	O43567	381 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SHOX2	O60902	331 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR7A10	O76100	309 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5F1	O95221	314 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	STAMBP	O95630	424 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NPPA	P01160	153 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MT-ND1	P03886	318 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM157C	P0CG43	387 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF23	P17027	643 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM34	P42696	430 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PTDSS1	P48651	473 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	EVX1	P49640	407 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF133	P52736	654 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB1A	P62820	205 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL18	Q07020	188 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SF3A3	Q12874	501 aa	Known RBP eCLIP	10.3	□□□□□ -0.76	6e-10	■■■□□ 14.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PIN1	Q13526	163 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RIN1	Q13671	783 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB39A	Q14964	217 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PIWIL3	Q7Z3Z3	882 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LRP11	Q86VZ4	500 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX32	Q86XE0	403 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC22A24	Q8N4F4	322 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC26A7	Q8TE54	656 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	C10orf82	Q8WW14	230 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NEU4	Q8WWR8	484 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RASSF5	Q8WWW0	418 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF566	Q969W8	418 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NMD3	Q96D46	503 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM38B	Q9NVV0	291 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MYEF2	Q9P2K5	600 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO9	Q9UK97	447 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3GLB1	Q9Y371	365 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM220BP	B1ANY3	271 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LILRA1	O75019	489 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	UBL3	O95164	117 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6A2	O95222	327 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB36	O95755	333 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINA5	P05154	406 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	F13B	P05160	661 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ADRA2A	P08913	450 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TACSTD2	P09758	323 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TROVE2	P10155	538 aa	Known RBP eCLIP	10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	DAO	P14920	347 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	IL2RG	P31785	369 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GLRX	P35754	106 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR1E2	P47887	323 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GZMK	P49863	264 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ARFIP2	P53365	341 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CARTPT	Q16568	116 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ARMC4	Q5T2S8	1044 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ERICH5	Q6P6B1	374 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PODNL1	Q6PEZ8	512 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NANOGNB	Q7Z5D8	188 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF786	Q8N393	782 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PAQR4	Q8N4S7	273 aa	Predicted RBP	10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NOXO1	Q8NFA2	376 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MOSPD2	Q8NHP6	518 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA3	Q8NHX4	192 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM239	Q8WW34	195 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ASB10	Q8WXI3	467 aa		10.29	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF347	Q96SE7	839 aa		10.29	□□□□□ -0.76

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