Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Use1Q9CQ56 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Use1Q9CQ56 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Use1Q9CQ56 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Use1Q9CQ56 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Use1Q9CQ56 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Use1Q9CQ56 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.5 ms