Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Atg4aQ8C9S8 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Atg4aQ8C9S8 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Atg4aQ8C9S8 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Atg4aQ8C9S8 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Atg4aQ8C9S8 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Atg4aQ8C9S8 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.3 ms