Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC38.2■■■■□ 3.71
Col17a1Q07563 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
Col17a1Q07563 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC38.17■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC38.16■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC38.16■■■■□ 3.7
Col17a1Q07563 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC38.12■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC38.11■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC38.09■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Col17a1Q07563 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.07■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC38.05■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC38.03■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.03■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC38.02■■■■□ 3.68
Col17a1Q07563 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC37.99■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC37.97■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC37.97■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC37.95■■■■□ 3.67
Col17a1Q07563 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC37.94■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC37.93■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.92■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC37.91■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.9■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
Col17a1Q07563 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC37.87■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC37.86■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC37.84■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.65
Col17a1Q07563 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC37.81■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC37.8■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC37.8■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC37.78■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.64
Col17a1Q07563 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC37.76■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC37.73■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC37.73■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.72■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC37.71■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
Col17a1Q07563 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC37.69■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC37.68■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC37.67■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC37.65■■■■□ 3.62
Col17a1Q07563 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC37.64■■■■□ 3.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.3 ms