Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Trim40Q3UWA4 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trim40Q3UWA4 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Trim40Q3UWA4 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trim40Q3UWA4 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.6 ms