Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col28a1Q2UY11 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Col28a1Q2UY11 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col28a1Q2UY11 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col28a1Q2UY11 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18 ms