Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp4P35123 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp4P35123 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp4P35123 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp4P35123 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp4P35123 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Usp4P35123 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Usp4P35123 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Usp4P35123 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Usp4P35123 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Usp4P35123 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Usp4P35123 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Usp4P35123 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 683.8 ms