Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Cacna1bO55017 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Cacna1bO55017 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Cacna1bO55017 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Cacna1bO55017 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Cacna1bO55017 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Cacna1bO55017 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 99.4 ms