Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Use1Q9CQ56 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Use1Q9CQ56 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Use1Q9CQ56 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Use1Q9CQ56 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Use1Q9CQ56 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Use1Q9CQ56 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.6 ms