Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
Scn4aQ9ER60 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC35.57■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC35.54■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC35.54■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC35.53■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Scn4aQ9ER60 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC35.5■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Scn4aQ9ER60 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
Scn4aQ9ER60 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC35.36■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.34■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Scn4aQ9ER60 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC35.3■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC35.29■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
Scn4aQ9ER60 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
Scn4aQ9ER60 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC35.18■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC35.16■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
Scn4aQ9ER60 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC35.13■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC35.12■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
Scn4aQ9ER60 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.07■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC35.05■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Scn4aQ9ER60 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57.8 ms